شناسایی نشانگرهای ssr و est-ssr در چغندر (beta vulgaris l.)

چغندر قند با نام علمی بتا ولگاریس گیاهی دوساله از خانواده آمارانتاسه می باشد. تاکنون شناسایی نشانگرهای ssr به روش های هیبریداسیون و est-ssr در چغندر صورت گرفته است اما شناسایی نشانگرهای جدید به ویژه نشانگرهای مرتبط با صفات مهم حائظ اهمیت می باشد. از توالی های est موجود در پایگاه های اطلاعاتی و همچنین توالی ژنومی ژن flc-like ، یکی از ژن های کلیدی کنترل کننده گلدهی، جهت شناسایی نشانگرهای چندشکل est-ssr و ssr در چغندر استفاده شد. برای این کار توالی های est چغندر قند مربوط به سال های 2011-2008 از پایگاه ncbi دریافت و سرهمبندی شدند که در مجموع 2147 کانتیگ حاصل شد. از نرم افزارهای phobosv.3.3.12 و ssrlocator v.1 برای شناسایی ssrهای 2 تا 6 نوکلئوتیدی استفاده شد. طراحی آغازگرهای اختصاصی بر اساس توالی های حفاظت شده مجاور ناحیه تکراری صورت گرفت. واکنش زنجیره ای پلیمراز برای این آغازگرها به همراه dna ژنومی 10 لاین و رقم چغندر قند و دو نمونه چغندر ماریتیما انجام شده و پس از جداسازی با ژل 8 درصد پلی اکریل آمید به روش افقی، رنگ آمیزی آن با استفاده از اتیدیوم بروماید انجام گردید. از مجموع 10 جفت 9 جفت تولید باند کرده و 5 آغازگر c981، c1653، c1، c30 و c52 چندشکلی نشان دادند. این نشانگرها مجموعا با 14 الل در هر مکان 2 تا 4 الل تولید کردند. شاخص pic برای این آغازگرها بین 4/0 تا 66/0 بود. همچنین از مجموع 5 جفت آغازگر طراحی شده بر اساس ssrهای موجود در ناحیه پروموتر و اینترون اول ژن flc-like همه آغازگرها قادر به تولید محصول pcr در اندازه مورد انتظار بودند که در این بین آغازگر c744 با 2 الل و شاخص pic برابر با 37/0 چند شکل بود. در مجموع تعداد 4 نشانگر ssr از ژن های کنترل کننده گلدهی و دو نشانگر از توالی های est ناشناخته به دست آمد که چندشکلی مشاهده شده در آن ها ممکن است بر عملکرد این ژن ها اثر گذار باشد و در نتیجه نشانگرهای مناسبی برای عملکرد این ژن ها در ژنوتیپ های مختلف باشند.